國際中醫藥學會的機關為會員大會、理事會及監事會。
2018年各機關成員名單：
會員大會
主 席 : 崔世昌先生
副主席 : 卞兆祥教授
秘 書 : 王一濤教授
理事會
理事長 : 謝志偉博士
理 事 : 王一濤教授(兼任秘書長)
車鎮濤教授
卞兆祥教授
李紹平教授
呂愛平教授
李銘源教授
林志秀教授
徐啟河教授
周德敏教授
陳基旺教授
沈劍剛教授
莫 蕙教授
呂玉波教授
蔡炳祥博士
呂紅董事長
王春明博士
監事會
監 事 長 : 徐偉坤先生
副監事長 : 趙中振教授
國際中醫藥學會設立以下技術單位：
- 學報編輯部 : 負責學報的學術編輯和出版運行。
- 學術部 : 負責加強會員單位、會員學術交流及產學研合作。
- 會務部 : 負責中華醫藥論壇、編輯委員會會議、會員大會及理事會會議。
- 學會辦公室 : 負責學會日程事務，協調學會和學報財務運行。